Nouvelles du front coronaviral vues de Tokyo

Ce dernier samedi nous étions allés chez les parents du plus fidèle ami de mon petit-fils. Deux jours plus tard ce dernier était malade et sa mère procéda à un test dit antigénique. Résultat : positif. Comme je devais obtenir un test PCR la veille de mon départ vers les mers du sud, il s’avéra que celui-ci était également positif. Ma belle-fille, triplement injectée, est restée 4 jours au fond de son lit. Ma petite-fille a également subi quelques accès de fièvre. Mon fils a résisté, fort heureusement d’ailleurs puisqu’il assure le ravitaillement et la cuisine.

Les régulations au Japon précisent que s’il y a un cas avéré d’infection coronavirale au sein d’une famille la totalité de ses membres doit respecter une quarantaine de 7 jours. Le port du masque est toujours obligatoire partout y compris dans la rue et pourtant le Japon traverse une très forte recrudescence du nombre de “cas” alors que la très grande majorité des Japonais est triplement injectée malgré le fait que cette démarche n’est pas obligatoire. La pression sociale a fait le reste … 

L’enseignement à dégager de ce petit épisode familial est simple. Malgré les injections répétées supposées protéger la personne, celles-ci sont sans effet. L’immunité acquise après une première infection n’est pas suffisante pour se protéger contre un nouveau mutant, ce qui ressortait de l’inefficacité de la vaccination contre la grippe. La recherche médicale a donc encore beaucoup à découvrir dans ce domaine mais sans se précipiter vers de nouvelles technologies qui n’ont, donc, toujours pas fait leurs preuves bien au contraire. Ci-après un article de mon fils sur son blog:https://www.rosenight.net/?p=8402

Petite chronique du jour

En ce mardi 19 juillet, veille de mon départ pour les mers du sud, il me fallait un test RT-PCR pour pouvoir embarquer. Malgré le fait que je me suis traité avec 400 mg par jour de chloroquine lorsque mon petit-fils s’est retrouvé malade ce samedi, cela n’a pas été suffisant. Ma belle-fille a suivi le sort de son petit et est au fond de son lit depuis hier. Le test PCR a révélé une positivité sans symptômes et je suis maintenant cloué chez mon fils pour deux semaines supplémentaires. Il doit aller demain au service de l’immigration mon visa expirant le 21 juillet !

Je hais ces régulations stupides décidées par de faux médecins qui ne savent même pas qu’un test PCR ne constitue pas un outil de diagnostic surtout quand on procède à 40 cycles d’amplification.

Conclusion : je partirai donc dans 18 jours définitivement dégouté par la gestion sanitaire mise en place par les pays dits développés gouvernés par des incapables et ignorant la science. À plus pour d’autres petites chroniques …

Souvenirs et actualité du jour

Lorsque je sévissais dans le centre de recherches de Rhône-Poulenc Agro à Lyon l’un des ingénieurs de cette entreprise était mon interlocuteur préféré en raison de son ouverture d’esprit et de la liberté d’investigation dont il bénéficiait. Philippe D. était ingénieur chimiste et son domaine préféré était les néo-nicotinoïdes. La nicotine se trouve dans l’ « herbe à Nicod » et elle protège les plantations de tabac contre les insectes ravageurs. L’agriculteur qui produit du tabac, en France en Dordogne ou dans la plaine de la Limagne, n’a tout simplement pas besoin de traiter ses champs avec des insecticides. Cependant il faut des dizaines de kilos de cette molécule par hectare pour traiter un champ. Les chimistes dont Philippe D. ont donc essayé toutes sortes de modifications de la nicotine et avec le temps, un paramètre non négligeable dans ce type de recherche ont atteint une efficacité notoire de certains dérivés de la nicotine en arrivant à une centaine de grammes par hectare.

J’évoquais le facteur temps car en effet après les essais en serre il faut procéder à des essais en plein champ, ce qui est long et fastidieux car toute nouvelle molécule doit faire l’objet de diverses formulations pour chaque parcelle de 100 m2 en plein champ. Et comme tout chercheur passionné par son métier Philippe D. me racontait la progression de ses travaux. En dix ans il arriva à trouver un dérivé de la nicotine qui était actif à une dose extraordinaire de 4 grammes par hectare. C’était en quelque sorte son objectif final. Il me racontait, sûr de lui, qu’avec de telles doses les insectes pollinisateurs ne seraient pas foudroyés sur place. Ces néo-nicotinoïdes de nouvelle génération, il y a 25 ans de cela, étaient incorporés à l’enrobement des semences et se répandait dans toute la plante au cours de sa croissance. Les insectes suceurs et les larves de papillons ne survivaient pas à ces traces de néo-nicotinoïdes.

Et les grains de pollen ? Rien, zéro : toutes les extractions de grains de pollen soumises à des analyses par spectrographie de masse ont été négatives. Alors pourquoi de telles polémiques au sujet de cette classe d’insecticides extraordinairement efficace et inoffensive pour les insectes pollinisateurs ? Tout simplement par pure idéologie.

Actualité du jour. Comme j’embarque ce mercredi pour Tokyo je me suis plié à un test PCR ce lundi. Coût de l’opération : 98 euros. J’ai demandé à la laborantine si elle était bien payée. Elle m’a répondu qu’elle gagnait 1080 euros par mois … Prochain billet : peut-être samedi 23 

Diagnostiquer à coup sûr la présence d’un virus dans un prélèvement sanguin : l’affaire de quelques heures.

Il y a quelques semaines le Docteur Ian Lipkin, spécialiste des diagnostics à l’école de médecine de l’Université Columbia a eu une grosse surprise. Son laboratoire a reçu un échantillon de sang d’un patient de l’hôpital universitaire pour analyse car les médecins ne comprenaient pas de quelle maladie mystérieuse souffrait ce malade, un genre de fièvre hémorragique. Comme quelques temps auparavant Lipkin avait découvert un nouveau virus apparenté à celui de la polyomyélite à l’aide des techniques d’analyse qu’il avait développé dans son laboratoire et que les symptomes du patient d’alors ressemblaient étrangement à ceux décrits pour ce nouveau patient, il préféra ne pas prendre de risques et effectua l’analyse du sang de ce patient. Il identifia immédiatement le virus comme étant celui de la dengue, une fièvre hémorragique. Une brève enquête révéla que le patient avait séjourné au Viet-Nam quelques mois auparavant. Comme il était sous traitement immunodépresseur pour recevoir une greffe de moëlle osseuse, le virus de la dengue réapparut.

Cette histoire n’aurait aucun intérêt si on ne se penchait pas sur la technologie innovante mise au point par Lipkin. Il a adapté la technique dite PCR (Polymerase Chain Reaction) pour effectuer des diagnostics à haute fréquence. La PCR consiste à amplifier le nombre de copies d’un morceau d’ADN présent dans un échantillon afin d’en déterminer ultérieurement la séquence avec une machine de séquençage automatique Illumina (voir le lien):

Polymerase_chain_reaction.svg

Pour être certain de ce que l’on veut amplifier, il est nécessaire de connaître le petit morceau d’ADN qui sert à amorcer la réaction (DNA primer) et plus ce morceau comporte de bases (A, T, G et C) plus la spécificité de la PCR est élevée. Il existe maintenant des millions d’amorces disponibles commercialement et Lipkin, n’ayant pas froid aux yeux, on peut dire les choses ainsi, a réalisé une gymnastique incroyable en ajoutant dans le milieu réactionnel les amorces – un peu plus de deux millions – correspondant à pas moins de 502 virus pathogènes pour les mammifères dont l’homme. Il a fait le pari que comme les virus ont tendance à muter sans arrêt une amorce suffisamment longue ne s’apariant pas parfaitement avec un acide nucléique pourrait tout de même fonctionner correctement. Passons sur la préparation des échantillons car beaucoup de virus ont un matériel génétique constitué d’ARN qu’il faut transformer en ADN par une opération maintenant routinière et il faut éviter que l’ADN soit malencontreusement détruit par des activités enzymatiques indésirables présentes dans l’échantillon analysé.

Bref, une fois cette amplification par PCR terminée le mélange est analysé dans un séquençeur automatique et le tour est joué. Sans entrer dans les détails complexes de la technique développée par Lipkin la spécificité, les faux-positifs et le traitement des échantillons ont été optimisés ainsi que le logiciel d’analyse des résultats du séquençage pour atteindre des résultats rapides et fiables car souvent, en milieu hospitalier la vie d’un malade peut dépendre de la rapidité d’un diagnostic. Lipkin a appellé sa technologie VirCapSeq-VERT ou plateforme de séquençage de virome de vertébrés, virome signifiant la population de virus rencontrés seulement chez les mammifères. N’importe quel échantillon biologique peut être analysé en toute confiance pour un prix relativement modique de l’ordre de 60 dollars, le système automatisé permettant d’analyser en parallèle jusqu’à 21 échantillons. Belle avancée dans le diagnostic clinique !

Source : http://mbio.asm.org/ Illustration PCR : Wikipedia

http://www.illumina.com/systems/sequencing-platform-comparison.html?sciid=2014107IBN2