Quelques mémoires de ma carrière de chercheur en biologie (suite et fin)

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Le cas d’un fongicide (épilogue)

Mes travaux arrivaient à leur terme (voir les liens en fin de billet) après plus de deux années de difficiles moments de doute et de remises en question. J’avais en effet parfois douté en effet de mes capacités d’analyse. La remise en question de ses propres travaux par un chercheur fait partie de son éthique surtout quand ces travaux sont essentiellement expérimentaux. Beaucoup de mes collègues à qui je confiais mes états d’âme avaient tenté de me dissuader de continuer mes investigations en particulier ceux du sérail, c’est-à-dire les chercheurs employés par la firme chimique qui réalisait de confortables bénéfices en particulier avec cette molécule. Il suffisait de constater l’opulence du laboratoire en comparaison des laboratoires universitaires qui comme on a coutume de le dire dans les chaumières « tiraient le diable par la queue » pour simplement survivre. J’allais donc voir mon supérieur hiérarchique qui me répondit sèchement que j’avais choisi de travailler sur une molécule de la compagnie et que je devais assumer mes responsabilités.

Il me conseilla de rédiger un article relatif à la purification de l’enzyme et de « fermer ma gueule ». Néanmoins je je tins pas compte de sa mise en garde et j’organisais une conférence, ce qui m’occupa trois semaines pour préparer la présentation. Tout le Centre de Recherche se retrouva le jour où j’allais exposer les résultats de mes travaux excepté le Directeur des recherches et mon supérieur hiérarchique du CNRS, par ailleurs membre du Collège de France. Curieuse absence qui sans vraiment m’inquiéter me perturba tout de même un peu. Mon exposé était mal ficelé et il fut l’objet de critiques acerbes émanant des anciens qui avaient travaillé sur ce produit près de 20 ans auparavant, mais sur des points de détail, en tous les cas selon mon point de vue. J’étais en effet convaincu de la validité de la totalité de mes travaux qui formaient un tout cohérent et difficilement réfutable.

Le lendemain je fus convoqué par le « chef-produit » en charge de l’Iprodione qui rapportait plus de 750 millions de francs de bénéfices nets à la société et il me dit clairement qu’il était hors de question que je publie quoi que ce soit au sujet de mes résultats. Quelques jours plus tard mon supérieur, reconnaissant la valeur de mon travail me proposa une promotion au grade de directeur de recherches à condition de me taire, ce que je refusais en bloc. Puis il me conseilla de m’intéresser à un autre sujet comme par exemple la résistance des bananiers aux attaques virales. Une blague ? Je ne connaissais rien des bananiers et encore moins de la virologie phytopathogène. Puis je suis parti assister à deux congrès internationaux sur les bananes à Brisbane puis à Kuala-Lumpur et j’établis de solides contacts avec des spécialistes du bananier et j’entrepris une étude bibliographique minutieuse et découvris que l’on pouvait diagnostiquer aisément si une plantule de bananier produite in vitro pouvait être génétiquement satisfaisante pour le planteur par simple imagerie en fluorescence infra-rouge sous éclairage ultra-violet. Ce n’était pas une vue de l’esprit de ma part car il ressortait à l’issue de cette étude bibliographique exhaustive que j’avais réalisé qu’il s’agissait d’une histoire de pigments qu’exprimaient ou non ou plus ou moins normalement les bananiers, sans entrer dans des détails complexes.

J’eus alors l’idée d’une réalisation expérimentale dans une serre d’acclimatation des plantules produites in vitro dans une petite entreprise de Montpellier. Je fis un voyage à la Guadeloupe (à mes frais) pour mettre au point ce projet avec un horticulteur de Saint-François. À mes temps perdus je rédigeais un brevet pour protéger mon idée. Lorsqu’arriva le moment où j’allais me décider à partir à Saint-François mettre en place la réalisation de mon idée je fus convoqué par le CNRS à Paris qui me signala que je devais reverser 30 % de mes royalties à l’Etat car mon brevet était une propriété du CNRS. Je fus totalement découragé car mon business-plan n’allait même pas pouvoir me rémunérer sans salaire du CNRS pour survivre en étant optimiste au moins durant les 3 premières années. Je ne pris même pas la peine d’exposer ma position à mon supérieur au sujet des bananiers quand il vint me demander où j’en étais. Pour toute réponse je lui donnais ma lettre de démission. Je vendis tous mes biens et je partis dans les îles des mers du sud. C’est ainsi qu’au Vanuatu j’eus le plaisir de créer une petite entreprise très lucrative d’exportation de productions végétales locales.

Finalement j’aurais été probablement plus productif en faisant du business mais pour créer une entreprise il faut des idées et j’avais acquis ces idées au cours de ma carrière de chercheur dans un organisme public. Aujourd’hui l’Iprodione est toujours en vente car on n’a pas trouvé d’alternative aussi efficace. Il n’y a jamais eu d’accident sanitaire (comme d’ailleurs pour le glyphosate dont je vécus l’avènement de l’intérieur du centre de recherche) et parfois il me semble avoir vécu une sorte de fiction durant toutes ces années …

https://jacqueshenry.wordpress.com/2018/12/08/quelques-memoires-de-ma-carriere-de-chercheur-en-biologie-4/

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Quelques mémoires de ma carrière de chercheur en biologie (1) : l’erreur des embryons humains

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Il y a un peu moins de 40 ans – un bail – j’avais réintégré mon laboratoire d’origine à l’Université de Lyon à l’issue d’un longue pérégrination qui avait suivi ma soutenance de thèse d’Etat, un diplôme prestigieux qui n’existe plus aujourd’hui et personnellement je le déplore. Je précise ici que la thèse d’Etat succédait à la thèse dite de spécialité. Après cette soutenance de thèse j’avais si l’on peut dire tout d’abord sévi dans un des laboratoires les plus à la pointe à l’époque en France sur la recherche relative aux hormones stéroïdes sexuelles dans le sud de la France puis j’avais choisi d’aller poursuivre mes travaux aux Etats-Unis. Compte tenu de mes recherches antérieures publiées dans des journaux ayant une audience internationale (cf. le h-index) j’avais sélectionné deux universités américaines afin de parfaire mes connaissances en ce qui concernait la chimie des protéines qui avait été dans le fond l’objet de mes deux doctorats : Kansas City (Kansas) ou UCLA. J’avais en effet obtenu, compte tenu des publications que je comptais à mon actif, des assurances d’un complément de salaire lors de mon séjour auprès de l’une ou l’autre de ces éminentes figures de la chimie des protéines au sein de ces deux universités. Mon choix fut sans appel, ce fut UCLA. Pour ceux qui ne connaissent ce logo que sur des t-shirts il s’agit de l’University of California at Los Angeles, un admirable campus situé à Westwood Village entre Wilshire Boulevard et Sunset Boulevard. L’une des entrées nord du campus faisait face à celle de la propriété d’Alfred Hitchcock à Bel Air qui était toujours de ce monde à cette époque, je n’invente rien.

Dans le prestigieux laboratoire de chimie biologique situé dans l’immense complexe de l’hôpital universitaire de UCLA, peut-être encore aujourd’hui le plus grand bâtiment public des USA après le Pentagone (illustration), c’est dire, j’appris enfin à travailler dans un laboratoire de recherche car ce qui me restait de l’enseignement dispensé par mes professeurs de l’université française était devenu tout à coup pour moi totalement obsolète, plongé d’un coup dans le culte de l’efficacité de la recherche américaine. À tel point que je ne compris pas comment j’avais pu réaliser durant plus de huit années de labeur des travaux qui m’avaient permis d’être reconnu mondialement – au moins par mes publications dans de prestigieux journaux ou des communications à des congrès internationaux – alors que les méthodes de travail des laboratoires universitaires américains étaient si différentes et tellement mieux organisées.

Bref, il est un fait indéniable : j’appris à travailler à UCLA puis à San Diego, certainement pas à l’Université de Lyon, et de retour en France, après ces quelques années d’errements, je réintégrais mon laboratoire d’origine précisément à l’Université de Lyon.

J’eus soudain l’impression d’être complètement perdu dans un univers qui me paraissait figé, sans avenir, sans perspectives sinon de continuer à s’enferrer dans des problématiques qui ne verraient leurs éclaircissements que bien des années plus tard à la faveur de l’évolution fantastiques des techniques de recherche comme la biologie moléculaire ou l’analyse des molécules chimiques complexes, je veux parler ici des protéines, avancées qui ont permis des progrès gigantesques dont seuls des spécialistes – je n’en fais plus partie depuis bien longtemps – peuvent évaluer la portée future tant en biologie qu’en médecine ou encore en agriculture. Muni de mon expérience récente je recherchais désespérément des collaborations extérieures, mon laboratoire d’origine étant toujours prisonnier de ses thématiques originelles qui ne m’intéressaient absolument plus. À l’occasion d’un petit congrès pluridisciplinaire organisé par la région Rhône-Alpes j’eus la chance – ou peut-être la malchance – de rencontrer un vétérinaire qui se demandait comment pouvoir mettre en oeuvre la culture d’embryons bovins pour les réimplanter ensuite dans l’utérus de vaches porteuses pas nécessairement de la même race. C’était à l’époque l’explosion des fécondations in vitro pour les humains et ce vétérinaire me communiqua les coordonnées d’un médecin oeuvrant dans une clinique de la banlieue lyonnaise spécialisée dans ce domaine pour éventuellement imaginer un petit programme de recherche. Fort de mon expérience de purification de petits peptides acquise tant à UCLA qu’à San Diego je griffonnais une hypothèse de travail hasardeuse mais qui se révéla par la suite lourde de conséquences.

Le médecin en charge des fécondations in vitro s’arrangea pour mettre à ma disposition les boites de culture usagées des embryons humains et je pus alors entreprendre de chercher des différences entre le milieu de culture neuf disponible dans le commerce et les milieux, naturellement débarrassés des embryons après deux jours de culture, la base de mon hypothèse étant de tenter de trouver une molécule susceptible de favoriser le maintien d’un embryon en vie dans un milieu n’ayant rien à voir avec l’environnement d’une trompe de Fallope ou d’un utérus, molécule que l’embryon, dans cet environnement hostile, était obligé de produire pour sa survie. C’était la préoccupation majeure de ce vétérinaire car dans le cas des embryons bovins tout ne se passe pas comme dans une clinique, il faut transporter ces embryons en culture pour leur réimplantation et à l’époque cette technique essuyait échecs sur échecs. Collecter du sperme de taureau était déjà une routine pour les inséminations mais prélever des ovules de vache n’était pas encore totalement au point et la technique de congélation des embryons était encore inconnue.

Ce projet devait se dérouler sans que qui que ce soit apprenne dans quel domaine de recherche je me lançais, c’était tout simplement interdit et a fortiori je n’étais pas censé travailler directement sur les embryons humains. Très rapidement il apparut qu’un petit peptide s’accumulait dans le milieu de culture des embryons humains d’une manière totalement inattendue. Il me fallut quelques semaines à raison d’une ou deux heures chaque jour pour en purifier une quantité suffisante afin de procéder à une étude structurale qui fut menée à bien par spectrographie de masse grâce à la collaboration bienveillante et toujours sans aucun caractère officiel – j’avais un réseau de scientifiques sur place, amis pour la plupart – de collègues à qui j’avais exposé très vaguement l’objet de mes travaux et qui ne me posèrent aucune question embarrassante. Un autre ami, quand la structure de ce petit peptide fut élucidée, accepta d’en synthétiser une petite quantité toujours sous le manteau.

J’étais intrigué par cette petite molécule (voir note en fin de billet). À l’époque il n’existait aucun moyen, comme c’est le cas aujourd’hui, d’en rechercher la provenance en comparant la séquence des aminoacides avec toutes celles connues. Pourquoi s’accumulait-il et quelle était sa fonction ? L’embryon de deux jours ne se trouvait pas dans son environnement naturel et il synthétisait d’incroyables quantités de cette molécule, précisément, mais dans quel but ? Et c’est pour répondre à ces questions que ma curiosité de scientifique me conduisit à une dérive dont je ne perçus pas sur le moment l’importance et les conséquences futures.

Un vendredi soir, comme à l’accoutumée car j’avais encore quelques vérifications mineures pour finaliser ce petit projet, j’allais récolter quelques boites de culture d’embryons dans cette clinique où j’étais devenu un habitué. Une laborantine me donna une dizaine de ces boites, visiblement pressée de quitter le laboratoire. Je revins à l’université et par simple routine j’examinais les boites avec une loupe binoculaire par précaution dans le but de m’assurer qu’il n’y avait plus aucun embryon humain. Deux boites contenaient encore chacune deux embryons.

Je dois éclairer mes lecteurs sur le fait que pour qu’une fécondation in vitro soit réussie il faut implanter au moins deux embryons dans l’utérus et c’est la raison pour laquelle ce genre d’intervention conduit souvent à des grossesses gémellaires. C’était d’ailleurs un détail qui m’avait depuis le début de ces travaux plutôt intrigué. Pour la bonne compréhension du processus de fécondation in vitro il faut au préalable considérablement amplifier par voie hormonale la production d’ovules par les ovaires afin de faciliter la ponction ovarienne des ovules. Le geste chirurgical n’est en effet pas anodin et il faut qu’il soit réussi la première fois. D’autre part cette coexistence de deux embryons lors de la réimplantation dans l’utérus ne signifiait-elle pas qu’il manquait quelque chose de critique pour que l’embryon – au moins l’un des deux introduits – puisse s’implanter dans l’endomètre. Sans le savoir j’avais peut-être mis le doigt sur un paramètre qui était à cette époque totalement ignoré …

Je restais donc, seul dans le laboratoire, silencieux, anxieux mais en même temps très excité par le fait que j’avais entre les mains deux boites contenant des embryons humains en parfait état, et j’étais parfaitement conscient que je n’avais pas le droit de faire une quelconque expérimentation avec ces embryons. Les laborantines avaient de toute évidence bâclé leur travail, c’était un vendredi et elles étaient pressées de rentrer chez elles. C’est alors qu’il me vint l’idée de tester « mon peptide » sur ces embryons car j’ignorais quel pouvait être sa fonction et mon ami vétérinaire s’impatientait. Il s’agissait d’une démarche sans aucune arrière pensée mais motivée par ma seule curiosité scientifique. Je changeais le milieu de culture des deux boites fatidiques, préparais une solution stérile de « mon peptide » et en ajoutais une quantité infinitésimale, selon mes estimations il suffirait de quelques microgrammes dans chaque boite, inscrivis un code sur les boites et les mis dans l’incubateur.

Je passais, je m’en souviens comme si c’était hier, un week-end en famille très perturbé. Je voulais être déjà le lundi suivant. Et ce fameux lundi fut le début du basculement de ma carrière. La première chose que je fis fut d’examiner à la loupe les deux fameuses boites que j’avais mis dans un coin de l’incubateur. À ma grande surprise il n’y avait plus deux embryons dans chacune d’entre elles mais au moins 5 ou 6 qui semblaient se trouver en excellentes conditions quant aux embryons originels ils avaient dépassé le stade des 32 ou 64 cellules, une situation inédite à l’époque. Pris d’une terrible angoisse je mis de l’eau de Javel concentrée dans les boites avant que quiconque ne vienne me demander ce que je manigançais dans mon coin car, qui plus est, je n’étais pas vraiment censé faire des cultures de cellules dans le laboratoire. Puis je pris mon téléphone et j’appelais mon ami vétérinaire et je lui fit part de ma découverte.

Quelques mois plus tard, pour une raison dont j’ignore toujours l’origine, je fus convoqué par la direction du CNRS à Paris et on me pria de travailler désormais sur les épinards … Et c’est à cette occasion que je découvris ce que les écologistes exècrent : l’agrochimie, ce qui fera l’objet d’un prochain épisode de ces mémoires d’ancien biologiste.

Je voudrais ajouter en forme de post-scriptum qu’à l’époque, il y a donc près de 40 ans, j’ai pu grâce à la connivence de cet ami vétérinaire avoir accès à des documents ultra-secrêts issus tant des USA que du « bloc de l’Est » qui circulaient entre scientifiques sous le manteau que les armées étaient très activement intéressées par le croisement entre l’homme et le chimpanzé et vice-versa afin de créer des sortes de sous-hommes que les généraux pourraient sans état d’âme envoyer au casse-pipe. C’est vrai ! je n’invente rien. Il se trouve qu’il y avait un début de grossesse mais le système immunitaire n’était pas adapté – à l’époque où on ne connaissait pas encore les drogues immunodépressives – pour supporter l’embryon hybride. C’est terrifiant mais je suis persuadé qu’aujourd’hui les armées du monde entreprennent des recherches vraiment glauques comme par exemple au sujet du virus Ebola qui me paraissent hautement suspectes, du moins de mon point de vue d’ancien biologiste.

Note. J’ai complètement occulté de ma mémoire la structure, c’est-à-dire l’enchainement des acides aminés de ce peptide, et c’est bien mieux ainsi. Aujourd’hui encore je tente de me persuader que j’ai eu une hallucination et que ce que je croyais être des clones d’embryons humains n’étaient que des contaminations par des levures … Aujourd’hui encore je ne pense pas que ces travaux puissent être reproduits car les milieux de culture ont changé et les techniques de fécondation in vitro également pour atteindre une bien meilleure efficacité qu’à cette époque.