Histoire de croutes de fromage

 

Quand je séjourne en France, je ne peux pas m’empêcher de manger du fromage et tous les fromages français sont bons à l’exception de certains d’entre eux visiblement et notoirement industriels, mais bon, à côté des fromages de chèvre espagnols, caoutchouteux et sans goût à moins de les faire cuire « a la plancha », le moindre Chavignol, la petite Rigotte, le St-Marcellin dégoulinant ou encore le Rocamadour sont un réel plaisir. Hier, j’ai fait un détour rue de Richelieu pour m’offrir deux petits fromages secs de Saône-et-Loire à la fromagerie Hisada, tenue par deux charmantes Japonaises. Je recommande aux amateurs de fromage parisiens d’aller voir ce qu’on trouve dans cet endroit absolument exceptionnel de par la qualité et la diversité des fromages proposés à la clientèle.

Et pourquoi toute cette diversité fromagère ? Parce que le fromage est le résultat d’une complexe interaction entre diverses bactéries, champignons et autres levures. Entre deux caves d’affinage du même fromage produit dans une région donnée, on peut déceler de subtiles différences. Je me souviens avoir fait le tour des petits producteurs de Rigottes d’Echalas dans le sud du département du Rhône, un fromage mi-chèvre mi-vache, frais, un peu sec ou carrément sec, c’est selon. Chaque petit producteur produisait son fromage personnalisé en terme d’odeur, de couleur, de texture et naturellement de goût. Il ignorait quelle pouvait être la cause de ces petites différences mais on sait maintenant que tout provient d’une bonne entente entre deux acteurs microbiens bien identifiés par une équipe de biologistes de l’Université d’Harvard conduite par le Docteur Rachel Dutton. Ces microbiologistes se sont penché en détail sur les croutes des fromages affinés. La croute contribue en effet à la saveur d’un fromage et celle-ci se forme non seulement à partir de l’inoculum ajouté au caillé qui confèrera au fromage son identité mais également par l’interaction avec le milieu extérieur. Or ce milieu extérieur, caves d’affinage, salles de séchage et de vieillissement, est riche en spores bactériens et fongiques et il en résulte sur la croute du fromage une communauté extrêmement complexe se développant en parfaite harmonie pour conférer au fromage son aspect et sa saveur caractéristiques. Enfin, la croute du fromage protège ce dernier des attaques par des espèces microbiennes ou fongiques pathogènes.

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Le fromage, comme beaucoup d’aliments et de boissons fermentés requiert au cours de sa fabrication l’introduction d’un inoculum dans le caillé, or plus de 60 % des bactéries et près de 25 % des champignons présents dans la croute d’un fromage ne proviennent pas de l’inoculum mais de l’environnement externe. D’autre part, parmi les 137 fromages divers étudiés, seulement 14 bactéries différentes représentant chacune plus de 1 % de la population bactérienne totale et 10 champignons différents représentant également chacun plus de 1 % de la population fongique totale ont été trouvés présents dans tous ces fromages. Certes en multipliant 14 par 10 on retombe sur ces 137 fromages mais ce raisonnement est simpliste et inexact car, comme pour l’arôme d’un vin, ce sont les petits détails qui créent la différence. L’identification des microorganismes a été réalisée par séquençage haute précision des ARN ribosomaux 16S qui sont hautement conservés entre les différentes espèces de bactéries ou de champignons et constituent donc la carte d’identité de chaque microorganisme de manière non ambiguë ( http://rdp.cme.msu.edu/ ) et le curieux peut constater la diversité dans les illustrations tirées de l’article paru dans le journal Cell aimablement communiqué par le Docteur Rachel Dutton (DOI en fin de billet). Il y a plusieurs sources expliquant la présence de bactéries et de champignons dans le fromage, d’abord le lait lui-même peut être contaminé en particulier pour les fromages confectionnés avec du lait cru, le sel introduit dans le caillé (curd), nous le verrons plus loin, véhicule des bactéries et enfin les caves d’affinage contribuent à la diversité de la flore des croutes en apportant leur lot de spores de champignons microscopiques. L’illustration montre également les trois sortes de fromages classés selon la nature de leur croute (rind) selon qu’elle est recouverte de moisissures ou champignons filamenteux (bloomy), un exemple est le camembert, selon que la croute est lavée au cours de l’affinage, un exemple l’Epoisses, ou encore laissée à l’état naturel comme la tomme de Savoie. Ces trois types de croutes ont été analysés et les résultats sont résumés dans la figure ci-après, certes un peu aride mais fort intéressante malgré l’absence de signification des échantillons numérotés de 1 à 137. On peut remarquer que la flore bactérienne de certains fromages, par exemple l’échantillon 130, est presque exclusivement constituée de bactéries dont l’abondance est inférieure à 1 % et par exemple pour les champignons, l’échantillon 50 est atypique car il ne contient que des Debaryomyces et des Fusarium à côté de champignons d’importance mineure, c’est certainement un bon fromage !

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Pour en revenir au sel introduit dans le lait avant d’en faire le caillé, il s’agit de sel marin, or l’étude a montré la présence presque systématique dans le fromage de bactéries exclusivement rencontrées dans le milieu marin comme Yaniella et Nocardiopsis ou encore des Halomonas résistantes à de fortes concentrations en sel. C’est la première fois qu’est décrite la présence de telles bactéries dans un aliment. Pour les puristes ITS fait référence à la méthode de séquençage de l’ARN des champignons qui diffère de celle utilisées pour identifier les bactéries (16S).

Enfin, l’étude du Docteur Rachel Dutton a mis en évidence des synergies ou au contraire des antagonismes entre champignons et bactéries indiquant clairement, pour schématiser qu’une vulgaire croute de fromage est un microcosme diversifié et très complexe. En conclusion si certains amateurs de fromage ne mangent pas la croute, ils ont bien tort car elle apporte une multitude d’éléments nutritionnels qui concourent à l’équilibre de la flore intestinale même si certains peuvent être effrayés d’apprendre que la croute d’un bon camembert peut contenir des staphylocoques ou des Candida.

Bon appétit !

http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2014.05.041 

La guerre du cacao aura-t-elle lieu, et la suivante ?

Le Ghana, un des rares pays africains dont on n’entend pas ou peu parler s’est engagé il y a quelques années dans un vaste programme d’éradication du virus qui ravage les plantations de cacaoyer du pays. Pour rappel, le Ghana est le premier producteur mondial de cacao et l’économie de l’ensemble du pays repose donc fragilement sur cette monoculture. Le virus en question est le CSSV, acronyme de Cocoa Swollen-Shoot Virus, littéralement le virus du gonflement des tiges du cacaoyer. Ce virus, comme tous les virus phyto-pathogènes est transmis par un insecte et dans le cas du cacaoyer par un parasite parfois appelé à tort mouche blanche mais qui est réalité une cochenille. Cet insecte parasite a la particularité de sécréter un miellat dont raffolent certaines fourmis qui ont vite compris que la « culture » des cochenilles était tout bénéfice pour elles mais pas du tout pour le cacaoyer. Entre 2005 et 2010, ce sont près de trente millions de cacaoyers qui ont été arrachés et brûlés, simplement au Ghana. Au Cameroun ou en Côte-d’Ivoire, deux autres pays africains producteurs de cacao, la situation est tout aussi alarmante. Plus grave encore, les fourmis transportent au cours de leur travail d’élevage des cochenilles un champignon tout aussi dévastateur qui attaque le cacaoyer au niveau des blessures occasionnées par les cochenilles. Ce champignon microscopique de la famille des Phytophthora, plus proche d’ailleurs génétiquement des algues brunes que des champignons, constitue un autre ennemi mortel du cacaoyer difficile à éradiquer à l’aide de fongicides traditionnels puisqu’il se loge dans les blessures et sous l’écorce de l’arbuste. Ce champignon a également la malencontreuse idée de s’attaquer aux fruits du cacaoyer, ce qui signifie qu’avant sa mort certaine en quelques années à cause de l’infection virale, le cacaoyer ne produit plus que quelques fruits et le fermier ne doit plus sa survie qu’aux efforts constants et gigantesques des autorités du Ghana pour planifier des plantations entourées de no man’s lands afin de prévenir la transmission des cochenilles d’une plantation à une autre. Les fermiers ne voient pas d’un bon œil ces terres inutilisées mais ils sont en permanence avertis que c’est la seule solution pour leur survie. Mais le but ultime de cette histoire relatant brièvement le triste destin des cacaoyers ghanéens est beaucoup plus vaste. Le Phytophthora fait partie des ravageurs des cultures vivrières comme d’autres champignons provoquant la « rouille » mais parmi ces ravageurs, il faut inclure les insectes, les nématodes, ces vers microscopiques qui attaquent les racines, et les rongeurs variés, du mulot au rat. On estime que près de 30 % des récoltes dans le monde sont tout simplement perdues en raison des ravageurs. Des pays comme la Chine ont déclaré la guerre aux rats, mais qu’arriverait-il si un champignon résistant à tous les pesticides connus pullulait brusquement ? Le fait que les cours du cacao fluctuent à cause de ces maladies – aucun traitement contre les affections virales n’existe pour les plantes, comme chez l’homme à quelques rares exceptions près – n’est pas vraiment vital en soi, à la limite on peut se passer de chocolat, mais si une grande culture vivrière comme le riz venait à être décimée en partie par une rouille provoquée par un champignon phyto-pathogène mutant et résistant à tous les traitements phytosanitaires, ce serait la famine immédiate pour des centaines de millions de personnes et qui dit famine dit violence, guerre, émigration. Il faut se souvenir que la grande famine irlandaise du milieu du XIXe siècle fut causée par le ravage des cultures de pommes de terre justement par un Phytophthora. En quelques années la population du pays chuta de plus de 25 %, mortalité et émigration confondues. A l’échelle mondiale, il est impossible d’imaginer un scénario plausible au cas où la production d’une ou plusieurs grandes cultures vivrières, blé, maïs, riz ou soja, chutait même de seulement 30 %. La situation s’aggrave pour une autre raison inattendue, plus aucun étudiant d’université n’a envie de se spécialiser en mycologie, en entomologie, en bactériologie ou virologie végétale, on ne trouve plus aucun taxonomiste, ce biologiste spécialiste capable d’identifier un champignon microscopique pathogène pour les plantes, et l’expérience des « anciens » partis à la retraite a disparu. Enfin, la mise au point de nouvelles molécules chimiques permettant de combattre les ravageurs des végétaux est longue et coûteuse. Entre l’instant où on identifie une nouvelle molécule chimique de synthèse active au laboratoire sur un champignon donné et le jour où cette même molécule se retrouve sur le marché, il peut se passer dix à quinze années. Un crise alimentaire mondiale de grande ampleur ne peut donc pas être exclue y compris dans un proche avenir. Le cas de l’Irlande est là pour rappeler que les conséquences de la famine sont ingérables et conduisent à des guerres et des tueries. Et comme pour assombrir le tableau, les stocks des 4 grandes cultures citées plus haut sont à peine suffisants pour nourrir la planète pendant six mois. Plus que toute autre ressource primaire de la planète, l’agriculture vivrière est un colosse aux pieds d’argile qui peut s’effondrer à tout moment.

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Source et photo : National Geographic

Le « microbiome » de notre peau : un univers !

Cette image montre la base d’un poil de la peau du dos entouré de bactéries et de champignons par microscopie en fluorescence. Les champignons apparaissent en bleu-vert, les bactéries en rose et les cellules de la peau et du poil en jaune.

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Nous sommes littéralement recouverts de bactéries et de champignons qui luttent entre eux sur notre peau et les poils qui nous recouvrent sans que souvent on puisse les voir à l’oeil nu, je parle des poils, ce qu’on a coutume d’appeler le duvet, et dans le moindre interstice, entre deux amas de cellules mortes et prêtes à se décoller des milliers de cellules bactériennes et des champignons microscopiques grouillent et sont en compétition les uns contre les autres. Il est difficile d’identifier toute cette population de micro-organismes puisque leur culture in vitro est parfois impossible mais la biologie moléculaire a permis d’en faire un catalogue grâce au séquençage de l’ADN qui permet d’établir une sorte de revue  de la présence ou non d’un champignon ou d’une bactérie sur une quelconque partie du corps. Dans la plupart des cas ces champignons microscopiques sont inoffensifs mais ils peuvent aussi, combinés à des bactéries, être la cause de désagréments comme des dermatoses ou des ulcérations douloureuses comme par exemple « le pied d’athlète » ou encore des infections apparaissant sous les ongles. Rien qu’aux Etats-Unis on estime que trente millions de personnes souffrent d’affections de la peau dont la cause est la présence de champignons et/ou de bactéries. Parfois une hygiène trop poussée peut déséquilibrer l’harmonie de ce qu’on appelle le « microbiome » de la peau et alors des dermatoses peuvent apparaître car les bactéries et les champignons cohabitent en se nourrissent des couches extérieures de la peau constituées de cellules mortes qui sont éliminées en permanence. Que fait-on quand on se fait bronze sur une plage sinon accélérer le processus de sénescence et de mort des cellules de l’épithélium cutané. Pour approfondir la connaissance de ce microbiome cutané, après avoir prélevé des échantillons sur diverses parties du corps le séquençage de l’ADN recueilli a permis d’identifier ce que l’on appelle des marqueurs phylogénétiques permettant d’identifier tous les champignons retrouvés sur la peau à différents endroits du corps. Le séquençage permet de générer plus ce cinq millions de marqueurs représentant plus de 80 genres et espèces de champignons. Une mise en culture in vitro aurait au mieux permis d’identifier une douzaine d’entre eux parmi une centaine de colonies après un travail pouvant s’étaler sur plusieurs semaines. Par exemple au niveau des pieds qui ne sont pourtant pas les parties du corps les plus riches en champignons, deux sortes (phylums) ont été parfaitement reconnus avec leurs marqueurs phylogénétiques, des Ascomycètes et des Basidiomycètes. Le genre le plus commun est Malassezia souvent rencontré au niveau des narines ou derrière les oreilles mais moins fréquemment dans le dos ou le cou. Les narines sont particulièrement riches en ces champignons somme toute inoffensifs du genre Aspergillus, Cryptococcum, Rhodotorula ou Epicoccum. L’étude réalisée par le NCI (National Cancer Institute – National Human Genome Research Institute) sous la direction du Docteur Julie Segre a ainsi montré que les populations de champignons varient selon l’endroit du corps où elles se situent mais pas vraiment en fonction des individus sur lesquels ont été prélevés les échantillons. Les pieds, les narines ou encore la zone génito-urinaire sont particulièrement riches en champignons alors que les mains, les sourcils ou l’oreille externe en sont pratiquement exempts. Et en rapprochant cette étude sur les champignons avec une autre étude réalisée cette fois sur les bactéries de la peau, la même équipe de recherche a pu montrer que plus il y avait de champignons, moins il y avait de diversité bactérienne et vice-versa selon les parties du corps échantillonnées. La population bactérienne dépend largement des conditions d’humidité de la peau, aisselles, plis de l’aine, narines ou paupières, alors que la diversité de la population de champignons dépend surtout de l’endroit du corps d’où provient l’échantillon analysé, et ce sont les pieds et dans une moindre mesure les narines les plus riches en diversité fongique. Les auteurs concluent par un mot d’humour qu’on peut traduire ainsi : « si vous ne voulez pas mélanger votre propre flore fongique avec celle des autres, quand vous êtes dans le vestiaire de la piscine, portez toujours des tongs pour vous protéger ».

 

Source et crédit photo: genome.gov