Le microbiome buccal se constitue dès la naissance.

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Avant la naissance la bouche est stérile comme l’est le liquide amniotique mais cette stérilité disparait instantanément après la naissance. En quelques minutes toutes sortes de micro-organismes envahissent la cavité buccale du nouveau-né, d’une part parce qu’elle se trouve en contact avec l’air, ce qui n’était pas le cas durant la vie in utero, et d’autre part en raison de la proximité de la mère, de sa peau, de ses seins. Il faudra moins d’une année à un enfant pour constituer ce que les biologistes appellent le « microbiome » oral. Toutefois quelques espèces de micro-organismes resteront absentes de la bouche de l’enfant comme certaines bactéries anaérobies qui ne se retrouvent que dans la bouche des adultes. Une équipe de biologistes de l’école dentaire de l’Université d’Harvard a étudié la constitution du microbiome buccal de l’enfant âgé de moins d’une année en réalisant une étude des séquences des ARN-16S ribosomaux qui sont une sorte de carte d’identité des micro-organismes. Parmi les 9 couples mère-enfant étudiés, 4 enfants étaient nés par césarienne et 3 ont été nourris exclusivement au sein durant les trois premiers mois. Il est apparu que la bouche de l’enfant nouveau-né puis durant les trois premiers mois n’est pas colonisée dans d’identiques proportions par les mêmes bactéries que celles se trouvant dans la bouche de la mère. En effet, certaines bactéries présentes sur la peau se retrouvent dans la bouche infantile alors qu’elles ne sont pas présentes dans un bouche d’adulte.

Les enfant nés par voie vaginale présentent une petite différence avec ceux nés par césarienne au niveau de leur microbiome buccal. Celui-ci comporte quelques bactéries d’origine vaginale qui disparaitront ensuite au cours de la diversification de ce microbiome. L’explication réside dans le fait que comme pour tout microcosme un équilibre entre les espèces s’établit progressivement à partir de l’état stérile initial. Ces bactéries provenant de la peau ou de l’environnement disparaissent très vite pour que le microbiome de l’enfant atteigne une relative uniformité avec celui de la mère. L’apparition des premières dents ne semble pas affecter le profil d’identité des bactéries, par contre les premiers aliments solides provoquent une profonde modification de ce profil. Ce profil est globalement plus simple que celui de la mère car il ne comporte pas encore de bactéries anaérobies associées aux pathologies dentaires associées aux infections gingivales. En bref, dès l’age d’un an l’enfant dispose d’un microbiome buccal caractéristique qu’il gardera globalement toute sa vie. Dans la bouche d’un être humain coexistent environ 300 espèces de bactéries différentes qui tolèrent aussi quelques levures en harmonie. Dès les premières semaines de la vie une séquence de colonisation s’établit pour atteindre cette harmonie comme l’illustre la figure ci-dessus.

Source et illustration. Doi : 10.1038/s41598-019-46923-0

De quoi se nourrissaient les Néandertaliens

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C’est en analysant très finement quatre fragments de dents d’hommes de Neandertal qu’une équipe internationale sous la direction du Docteur Laura Weyrich de l’Université d’Adélaïde en Australie a pu obtenir une bonne image de l’alimentation de nos cousins éloignés. Deux spécimens provenaient de la grotte de El Sidron en Espagne et deux autres de la grotte de Spy en Belgique. Il ne s’agissait pas de préciser la structure de l’ADN de ces hommes disparus d’Europe il y a environ 40000 ans mais de rechercher des évidences génétiques des bactéries et autres microorganismes formant ce que l’on appelle la plaque dentaire. Les types de bactéries buccales sont en effet un bon reflet de l’alimentation car ils sont différents selon la quantité de viande, de racines ou encore de champignons ingérés et donc en contact avec la bouche. Les hommes de Neandertal apparus en Europe il y a environ 700000 ans, c’est-à-dire bien avant l’ « Out of Africa » de l’homme moderne il y a 100000 ans étaient des chasseurs-cueilleurs et se contentaient de végétaux et de viande.

Les dents provenant de la grotte de Spy ont montré que les néandertaliens de cette région se nourrissaient presque exclusivement de viande, ils étaient des carnivores au même titre que les loups ! Leur menu était constitué de viande de rhinocéros laineux, de renne, de mouflon, de mammouth ou encore de cheval mais ils ne dédaignaient pas quelques champignons pour agrémenter leur mets. Au contraire ceux de la grotte d’El Sidron en Espagne étaient plutôt végétariens et mangeaient des écorces d’arbre, des mousses et autres lichens, des graines de pin (pignons) et des céréales bien que ne connaissant pas l’agriculture. L’un des spécimens de la grotte espagnole indique qu’il souffrait d’un abcès dentaire et les travaux réalisés (voir le lien) ont indiqué que l’individu utilisait des feuilles de saule probablement pour calmer ses douleurs, la feuille de saule étant riche en acide salicylique connue aujourd’hui sous le nom d’aspirine. Une autre indication de pratiques médicinales ancestrales est la présence d’acides nucléiques de Pénicillium, un champignon microscopique bien connu d’Alexander Fleming, retrouvés à El Sidron comme à Spy.

Finalement l’homme de Neandertal qui s’est hybridé avec l’homme moderne entre cent et quarante mille ans avant l’ère présente avait su s’adapter à son environnement et disposait de pratiques médicinales évidentes. Etait-il intelligent, comment vivait-il, pourquoi a-t-il disparu, des questions auxquelles les analyses de plaques dentaires n’apportent évidemment pas de réponses.

Source et illustration Nature, doi 10.1038/nature21674 aimablement communiqué par le Docteur Weyrich qui est vivement remerciée ici.

Note : Les bactéries buccales d’un chimpanzé sauvage, de l’homme de Neandertal et d’un homme moderne sont représentés au niveau des phylums simplifiés, en bleu les bactéries Gram-positives et en rouge et rose les bactéries Gram-négatives. Les autres microorganismes, végétaux et virus sont représentés du jaune au vert et au gris.