L’incroyable univers des bactéries intestinales

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Un récente étude parue dans le périodique scientifique Nature révèle l’extrême complexité du microcosme présent dans l’intestin humain. Cette étude a d’abord rassemblé les séquences d’ADNs génomiques et d’ARNs ribosomiques 16S disponibles dans les banques de données. Puis à l’aide de 20 échantillons de prélèvements de volontaires répartis entre l’Amérique du Nord et la Grande-Bretagne environ 10000 isolats de bactéries ont été identifiés et classés à l’aide de leur ARN 16S à l’aide de milieux de cultures spéciaux adaptés à ces bactéries. Sept-cent-trente-sept isolats ont été ajoutés à la collection avec parmi eux 107 nouvelles espèces se répartissant entre les actinobactéries, les bactéroïdes, les firmicutes et les protéobactéries. Cette collection additionnelle a été rapprochées des 617 séquences d’ADN déjà répertoriées.

Au total 1354 génomes différents de bactéries intestinales sont maintenant connus représentant 530 espèces réparties dans 6 phyla, le phylum des firmicutes étant le plus diversifié. Parallèlement 2803 plasmides ont été identifiés et séquencés. Toutes ces données chiffrées montrent à quel point le population bactérienne intestinale est complexe et diverse. Les bactéroïdes avec 41 espèces indentifiées restent la famille prépondérante en nombre suivie par les firmicutes, les protéobactéries et les actinobactéries.

La deuxième étape, la plus intéressante, a été consacrée aux propriétés métaboliques individuelles de chaque espèce. Un grand éventail de fonctions métaboliques a pu être démontré comme la production de vitamines et de cofacteurs mais aussi la présence d’activités enzymatiques particulières comme l’enzyme d’activation du formaldéhyde, première étape de la production de méthane présent chez certains firmicutes, ou encore les mécanismes de sécrétion de divers métabolites, depuis les acides aminés jusqu’aux cofacteurs complexes essentiels pour la « bonne santé » de l’organisme humain.

Source : doi 10.1038/s41587-018-0009-7

13 réflexions au sujet de « L’incroyable univers des bactéries intestinales »

  1. Le microbiote humain est intéressant à considérer car il contient environ le même nombre de cellules que l’être humain, sauf qu’il est dix fois moins volumineux et qu’il se répartit en surface et à l’intérieur des organes. Certains vont même jusqu’à dire qu’on peut considérer ces colonies de micro-organismes symbiotiques (bactéries, levures, champignons et même virus pour les tissus pulmonaires) comme ayant une fonction d’organe. C’est exagéré mais cela souligne l’importance de ce monde méconnu qu’on découvre petit à petit, notamment au niveau génétique (ce qu’on appelle alors le « microbiome »). Il se pourrait même que ces microbiotes fassent l’objet d’échanges permanents et d’une sélection de souches communes chez deux personnes vivants ensemble.
    Il existerait donc une écologie microbienne spécifique dans chaque foyer.
    Je me demande ce que cela donne dans la station spatiale internationale.

    • Exactement comme pour les nonnes dans les monastères qui finissent toutes par avoir leurs règles au même moment. Personne n’a pu encore trouver une explication à ce fait anecdotique. Entre la et son enfant nouveau-né les biologistes ont trouvé une différence entre les enfants nés par césarienne et ceux nés par la voie vaginale, ce qui indique que l’échange entre la mère et son enfant a lieu très tôt, dès la naissance.

      • Les voies de l’écologie microbiennes seraient-elles impénétrables ? 🙂

    • En effet, « toute la « viande humaine » rassemblée ne représente que 0,01 % de tout le carbone immobilisé par des êtres vivants sur la planète Terre »…pourcentage microscopique mais l’être humain est d’un côté terriblement auto-destructeur et d’un autre côté terriblement fragile. Un simple microbe peut tuer des dizaines millions d’individus. Un peu de modestie ne nuit jamais… 🙂

      • Même si un microbe tue 100 millions d epersonnes , cela fait environ 1% de la population, c’est à dire sans incidence.

  2. On peut aussi ajouter que l’ingestion de produits fermentés (yaourts, fromages, charcuteries, pains, choucroute,…) permet d’entretenir, de renouveler ou d’enrichir des flores microbiennes comme celles du microbiote intestinal.
    Des produits dits « probiotiques » disponibles en pharmacie auraient paraît-il un effet similaire mais je n’en ai jamais utilisé personnellement.

    • Le seul intérêt des yaourts est qu’ils ne contiennent pas de lactose. Pour le reste ils ne servent qu’à enrichir les fabricants de yaourts. Ils ne présentent aucun intérêt pour la flore intestinale, c’est de la publicité mensongère ! Les probiotiques quels qu’ils soient, idem, c’est de l’arnaque …
      Je prends chaque jours 12,5 g de levure de bière fraiche, comme « probiotique » c’est ce qu’il y a de mieux avec en prime des vitamines (toutes) et des oligoéléments (tous) et ça me coûte 10 centimes d’euros par jour.

      • Je suis réservé en ce qui concerne les yaourts car ils contiennent du lactose et des ferments lactiques (des streptocoques thermophiles, des lactobacilles voir des bifidobactéries). En effet, le yaourt c’est du lait caillé qui n’a pas subi de synérèse comme pour la fabrication des fromages, le lactose est donc presque intact, légèrement consommé pendant la phase de caillage. C’est la présence de ces ferments lactiques qui permet la digestion finale du lactose dans l’intestin puisqu’ils sont suréquipés en lactase et en béta-galactosidase.
        Par contre, 100 % d’accord avec la supplémentation en levures (Saccharomyces cerevisiae) : bon marché (environ 1 € les 300 grammes chez mon boulanger) et se marie bien avec la vinaigrette pour assaisonner la salade; permet d’apporter à l’organisme des vitamines du groupe B, des minéraux, des oligoéléments, et quelques d’enzymes utiles à la digestion.

  3. Hello, une bonne bière (belge une fois) non filtrée c’est pas mauvais non plus.
    A cet aparté diététique l’homme se rend de plus en plus compte de son mutualisme et de sa dépendance aux autres « vivants », non pas uniquement en terme d’apport de nourriture, mais de constitution à l’instar des chimères.
    Comme le disait Marcel Locquin dans une interview : »En réalité, dès la fin du XIXe siècle, certains chercheurs s’ étaient demandé si les globules blancs de notre sang ne seraient pas d’anciennes amibes, en quelque sorte domestiquées à l’intérieur de nous, car ils se comportent exactement comme des amibes, à ceci près que leurs mares ou leurs rivières est notre sang. Trois quarts de siècle plus tard, j’ai moi-même pu prouver, avec Marcel Bessis, que les vacuoles pulsatiles des globules blancs étaient analogues à celles des amibes.De même, les fameuses cellules en bâtonnets et en cônes de nos rétines sont sans doute d’anciennes algues rouges unicellulaires. Quant à nos neurones, figurez-vous que ce sont d’anciens champignons incorporés en nous lorsque nous étions des invertébrés il y a environ un milliard d’années ».
    En terme d’associations, n’oublions pas nos acariens sur notre peau, dans notre nez…à vos souhaits !
    Bref, de se croire une unité génétique fonctionnelle indépendante est une des grosses étourderies* de l’homme dans son ignorance doublée de son orgueil égotique.
    La vie est interconnections à commencer par le BLOB (myxomycète) qui paradoxalement n’est qu’une seule cellule mais avec 221 sexes 😉

    * Le propre de la mémoire étant d’oublier.

    • L’exemple le plus significatif ce sont les mitochondries !
      Mais je classerais les demodex dans la catégorie des parasites opportunistes. J’ai écrit plusieurs articles au sujet de ces charmantes petites bêtes sur ce blog. Le seul moyen de s’en débarrasser est d’appliquer de l’huile essentielle d’arbre à thé.

    • Les neurones d’anciennes cellules de champignons microscopiques et les cônes et bâtonnets rétiniens d’anciennes cellules de rhodophycées ? C’est passionnant tout ça ! 🙂

      • PS : je viens d’apprendre ce qu’est un « blob »…incroyable ce truc :

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