Les petits secrets du séquençage de l’ADN

Capture d’écran 2016-08-23 à 12.09.23.png

La société Illumina Inc, leader mondial des machines de séquençage de l’ADN (capitalisation au NASDAQ 20 milliards de dollars), utilise une technique ultra-secrète de diffusion des fragments d’ADN préalablement modifiés avec des marqueurs fluorescents au travers d’une membrane dont la composition n’est même pas totalement révélée dans les divers brevets qui protègent cette invention. Mais il n’y a pas que Illumina, associée à des équipes de biologistes et de chimistes de l’Université de l’Etat de Washington qui a eu à peu près la même idée. Un start-up anglaise travaillant en étroite collaboration avec l’Université d’Oxford – Oxford Nanopore Technologies – a développé le même type de membrane ressemblant, malgré son caractère secret, à celle mise au point par Illumina.

Comme on pouvait s’y attendre, car les enjeux économiques sont gigantesques dans le domaine du séquençage des acides nucléiques (ADN et ARN), il y a eu une bataille juridique acharnée devant la Commission américaine du commerce international (US International Trade Commission) pour tenter de trouver une solution à ce problème qui dépasse de loin la compétence des juges. La question était de savoir qui copie l’autre. Les juges se sont contenté d’apporter une réponse évasive en se référant à une doctrine juridique dite des « équivalents », en d’autres termes les deux techniques sont presque les mêmes, mais pas tout à fait, et peuvent donc faire l’objet de protections industrielles séparées.

Pour la plus grande satisfaction intellectuelle de tous les utilisateurs de machines de séquençage le voile du secret a donc été levé par Oxford Nanopore. Il s’agit d’une membrane dont les nanopores sont tapissés par une protéine en forme de tube que l’on retrouve chez toutes les bactéries et qui sert à contrôler l’entrée de macromolécules à l’intérieur de ces bactéries. Cette protéine est appelée comme il se doit une « porine ». La différence entre les technologies de ces deux compagnies est que l’une (Illumina) a opté pour une porine de mycobactérie alors que l’autre (Oxford nanopore) a choisi une porine d’Escherichia coli. Le souci est que ces protéines sont très proches au niveau structural – leur séquence d’aminoacides – et les juges ont conclu que les problèmes seraient résolus si les porines utilisées ne présentaient pas plus de 68 % d’homologie de structure. On appelle ça couper la poire en deux.

Ce que l’on ne connait toujours pas est la modification de l’enchainement des aminoacides de ces porines produites par génie génétique afin qu’elle transmettent correctement un signal électrique quand les brins d’ADN (ou d’ARN) les traversent. Et c’est sur ce point particulier que le secret est jalousement gardé par Oxford nanopore car une machine de séquençage doit être fiable à plus de 95 %. Les juges américains se sont déclarés incompétents et il est facile de le comprendre compte tenu de la complexité de cette technologie.

Bref, nul ne sait si Oxford nanopore supplantera un jour Illumina grâce à sa nouvelle technique initialement développée (Brevet US 20140186823 A1 que je conseille aux curieux de lire) par un laboratoire belge mais la bataille juridique est terminée et il faut souhaiter que chaque société réalise des bénéfices calmement.

Source : Science magazine, illustration Oxford nanopore : une porine à l’intérieur de laquelle passe un fragment d’ADN mono-brin.

Laisser un commentaire

Entrez vos coordonnées ci-dessous ou cliquez sur une icône pour vous connecter:

Logo WordPress.com

Vous commentez à l'aide de votre compte WordPress.com. Déconnexion / Changer )

Image Twitter

Vous commentez à l'aide de votre compte Twitter. Déconnexion / Changer )

Photo Facebook

Vous commentez à l'aide de votre compte Facebook. Déconnexion / Changer )

Photo Google+

Vous commentez à l'aide de votre compte Google+. Déconnexion / Changer )

Connexion à %s