CRISPR et bioéthique : La Chine a mis le turbo !

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Ce n’est pas une nouvelle très récente mais elle mérite d’être commentée : La Chine a édité des gènes dans des cellules immunitaires humaines en culture pour combattre une forme de cancer du poumon réfractaire à toute chimiothérapie ou radiothérapie. L’équipe du Docteur Lu You de l’hôpital universitaire de Chengdu a prélevé des cellules T du sang des patients enrôlés pour l’essai clinique prévu ce mois d’août et a modifié génétiquement ces cellules pour qu’elles attaquent spécifiquement les cellules cancéreuses. Un gène a été éliminé à l’aide de l’outil CRISPR-Cas9 et le promoteur du gène impliqué dans l’attaque des cellules cancéreuses par ces cellules T a été modifié pour amplifier la réponse immunitaire de ces cellules. Le souci, et c’est un peu le but de cet essai clinique sur des patients voués, certes, à une mort certaine, est que le « knock-out » du gène PD-1 qui contrôle justement l’agressivité des cellules T risque de provoquer des dommages sur d’autres organes sains.

Pour l’instant la première étape consiste à multiplier au laboratoire les cellules T modifiées génétiquement. Cette étape est réalisée par la société MedGenCell basée à Chengdu. Lors de l’essai clinique proprement dit ces cellules seront injectées en quantités variables dans le sang de 10 malades. Ceux-ci seront sous surveillance constante et divers marqueurs sanguins seront mesurés en temps réel. La Chine semble ne pas trop s’embarrasser avec la bioéthique diront certains analystes mais il faut tout de même reconnaître qu’il s’agit d’une tentative dont le but final est de sauver des vies, alors la frontière éthique, dans ce cas précis, est un peu floue.

Les scientifiques chinois n’en sont pas à leur première tentative d’édition de gènes. En mai 2015 l’équipe du Docteur Junjiu Huang finit par publier ses travaux sur la modification d’un embryon humain à l’aide de l’outil CRISPR dans une revue scientifique obscure, Protein&Cell. Les deux autres éditeurs sollicités, Nature et Science, avaient refusé de publier ce travail car il soulevait à l’évidence trop de questions éthiques. Certes l’embryon transformé se révéla non viable mais les Chinois avaient-ils transgressé les principes de la bioéthique presque universellement adoptés dans le monde au sujet des embryons humains ? Pas vraiment si les résultats ont montré au final que l’outil CRISPR n’était pas du tout aussi spécifique qu’on le croyait … La conclusion de ces travaux – l’embryon fut détruit à la fin de l’expérimentation – fut qu’il fallait considérablement améliorer la spécificité de reconnaissance des sites de modification sur l’ADN avant d’envisager une quelconque application biomédicale du CRISPR. Peut-être ont-ils résolu le problème avec les cellules T.

À suivre.

Sources en accès libre : doi : 10.1038/nature.2016.20302 et aussi 10.1038/522020a et encore : doi : 10.1007/s13238-015-0153-5

L’hygiène en Chine il y a 2000 ans

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C’est en effectuant des fouilles archéologiques d’un ancien relais situé aux confins du redoutable désert du Taklamakan qu’une équipe anglo-chinoise a découvert, preuves à l’appui, que la Route de la Soie véhiculait non seulement des denrées commerciales en tous genres mais aussi des maladies parasitaires tout aussi variées. Ce désert de dunes de sables mouvants situé entre les chaines de montagne de l’Himalaya, de Qilian et de Beishan avec à l’est le désert de Gobi est une des régions les plus inhospitalières du monde car il y fait froid et sec. Entre les années 111 avant et 109 après l’ère présente le relais de Dunhuang, un oasis situé aux confins est de la région autonome chinoise du Xinjiang, s’appelait Xuanquanzhi et était une étape importante de la Route de la Soie où arrivaient les marchandises de l’est et du sud pour repartir par deux voies contournant par le nord et par le sud les déserts de Gobi et du Taklamakan. S’y retrouvaient durant la dynastie Han toutes sortes de personnages, des marchands, des moines, des pèlerins, des soldats et des nomades. La Grande Muraille de Chine arrivait jusqu’à cet endroit où il fait relativement chaud l’été et un froid glacial en hiver.

Les archéologues ont passé minutieusement en revue les restes de ce relais important classé site historique national par la Chine et parmi une multitude d’artéfacts ils se sont aussi intéressé aux latrines dans les fosses desquelles les excréments humains ont été relativement bien conservés pendant plus de 2000 ans en raison du climat extrêmement sec sévissant dans cette région. Les voyageurs utilisaient des petites baguettes de bois autour desquelles était enroulé un morceau de tissu pour se nettoyer l’anus :

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un genre de coton tige d’une douzaine de centimètres de long pour le trou de balle …

Les fragments d’excréments, les taches brunes sur la « baguette d’hygiène anale », ont été extraits et analysés au microscope optique. Quatre sortes d’oeufs de vers parasites ont pu être aisément identifiés. D’abord le Trichuris trichiura qui est la cause de la trichiurose, une parasitose bénigne sauf en cas d’infestation massive. C’est un ver suceur de sang qui colonise l’intestin grêle et plus d’un milliard de personnes dans le monde vivent avec sans trop de désagréments. L’autre nématode parasite identifié par ses oeufs est l’ascaris (Ascaris lumbricoides) qui était déjà présent dans ce relais de la route de la soie car son hôte est exclusivement l’homme. Encore aujourd’hui plus d’un milliard et demi de personnes en sont atteintes en particulier les enfants qui paient un lourd tribut de par la mortalité, environ 2500 enfants en meurent chaque année dans le monde.

La troisième sorte d’oeufs a été attribuée au ténia (Taenia solium), le classique ver solitaire muni de crochets pouvant atteindre 10 mètres de long et dont le réservoir animal est le porc.

Arrêtons-nous un instant sur la présence de ces trois parasites. D’abord la bourgade de Xuanquanzhi était déjà à cette époque un oasis prospère. On y cultivait comme aujourd’hui toutes sortes de légumes et de fruits et l’élevage, en particulier de porcs, procurait la viande nécessaire pour poursuivre la route vers l’Europe et la Méditerranée. Les excréments humains étaient utilisés comme engrais et il n’est donc pas surprenant qu’une grande partie de la population de passage ou sédentaire de ce relais devait être porteuse de l’un ou voire plusieurs de ces trois parasites. Les habitudes alimentaires des Chinois de l’époque favorisaient la transmission d’un parasite comme le ténia. Les viscères des porcs étaient consommées et la viande de porc était parfois mal cuite ou mangée séchée car elle se conservait alors plus longtemps. Il est rare aujourd’hui de se retrouver parasité avec un ténia après avoir consommé du jambon cru car le dépistage du parasite et son éventuelle élimination à l’aide de médicaments appropriés sont systématiquement réalisés dans les élevages de porcs. Mais il y a 2000 ans, dans ce coin perdu de la Chine, il en était tout autrement.

Enfin le quatrième type d’oeufs a été attribué à la douve du foie (Clonorchis sinensis) un ver parasite qui vit dans les voies biliaires et la vésicule biliaire et peut provoquer un type de cancer du foie. Or le cycle de la douve (voir le lien sur ce blog) nécessite des eaux stagnantes peuplées d’escargots et de poissons, ce qui n’était et n’est toujours pas le cas de la région de Xuanquanzhi. Cette découverte a suscité quelques spéculations sur le climat de l’époque aux alentours du désert de Taklamakan. En réalité les oeufs de douve retrouvés sur les baguettes d’hygiène anale provenaient très certainement de personnes parasitées arrivant des zones où ce ver est endémique matérialisées par des rayures jaunes sur la carte ci-dessous.

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Ces commerçants et autres voyageurs avaient déjà parcouru près de 2000 kilomètres pour arriver à Dunhuang … Pour terminer la description de ce tableau peu engageant mais tout de même riche en informations aucun oeuf d’oxyures (Enterobius vermicularis) n’a été retrouvé dans ces latrines probablement pour deux raisons : les femelles pondent leurs oeufs la nuit à l’extérieur de l’anus et ces oeufs sont fragiles. L’oxyurose est pourtant encore aujourd’hui la parasitose la plus répandue dans le monde. Dans les pays de l’OCDE il est admis que près de 40 % des enfants ont été ou seront en contact avec des oxyures.

Cette étude bien qu’un peu scatologique révèle de précieuses informations sur l’hygiène, les habitudes alimentaires et les mouvements migratoires qui prévalaient il y a 2000 ans dans cette bourgade importante de la Route de la Soie qui est de nouveau d’actualité aujourd’hui avec la construction d’une liaison ferroviaire à grande vitesse depuis Pékin jusqu’à l’Europe occidentale …

Source et illustrations : http://dx.doi.org/10.1016/j.jasrep.2016.05.010 (article aimablement communiqué par le Docteur Piers Mitchell qui est vivement remercié ici. Dunhuang aujourd’hui (Wikipedia).

https://jacqueshenry.wordpress.com/2014/09/14/la-douve-du-foie-fait-toujours-autant-de-ravages/

Turquie et Indonésie, étrange similitude

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Le Tribunal International de la Haye vient de reconnaître – enfin – la complicité des USA, de la Grande-Bretagne et de l’Australie dans les massacres à grande échelle, plus de 500000 morts qui furent passés par les armes après des incarcérations arbitraires, à la suite de la tentative de coup d’Etat fomentée le 30 septembre 1965 par l’armée et dirigée contre le Président Sukarno. Le chef de l’armée, le général Suharto, devint ensuite président de l’Indonésie en 1968 alors que Sukarno se retrouva fragilisé par ces exactions sanglantes. Les données « officielles » mentionnent un demi-million de morts, essentiellement des soit-disant communistes, mais des organisations non gouvernementales ont affirmé à l’époque que près de trois millions de personnes furent massacrées sans état d’âme.

Les récents évènements de Turquie ressemblent étrangement à ce qui se passa en Indonésie. La communauté internationale va-t-elle rester muette et immobile devant la gigantesque purge qui s’organise maintenant en Turquie. Pêle-mêle des étudiants, des professeurs d’université, des magistrats, des juges, des politiciens « hostiles » à Erdogan, des militaires, des Kurdes bien sûr, l’occasion est trop bonne, mais aussi des hommes et des femmes de la rue vont être massacrés ou parqués dans des camps pour y mourir de mort lente au soleil comme on fait sécher les abricots. Les Américains qui possèdent des bases militaires où se trouvent plus de 60 fusées à tête nucléaire vont-ils laisser Erdogan massacrer ses concitoyens alors qu’ils sont les chantres de la liberté et de la démocratie ? Ils ont sinon favorisé du moins toléré les massacres indonésiens au nom de la démocratie, vont-il faire de même en Turquie en soutenant le dictateur Erdogan dans son entreprise d’installation d’un pouvoir totalitaire ?

Source partielle : informationclearinghouse Image d’archive de la répression à Djakarta.

Il faut adapter le régime alimentaire avec l’âge …

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Selon le Docteur Caroline Apovian, Professeur de médecine pédiatrique à l’Université de Boston, notre masse musculaire décline après 30 ans de 1 % par an. C’est inexorable et le métabolisme général diminue parallèlement. Cette diminution est plus marquée chez les femmes qui produisent très peu de testostérone, une hormone dont l’un des rôles est d’être un anabolisant favorisant une certaine stabilité de la masse musculaire chez les hommes. Par voie de conséquence il faut plus d’efforts physiques aux femmes pour éviter que leur organisme, compte tenu de cette diminution du métabolisme basal, n’accumule pas de graisses inutiles. Comme si ça ne suffisait pas la production par l’hypophyse d’hormone de croissance diminue également après la trentaine.

Après 40 ans la situation est loin de se stabiliser. C’est l’âge durant lequel on prend conscience d’une dégradation évidente de la silhouette mais aussi de la souplesse de la peau et également de la masse musculaire. Tous les efforts pour perdre par exemple du poids doivent être constants car tout relâchement dans la discipline que l’on s’impose aboutit à une rapide reprise de poids, l’organisme traversant en effet une période d’adaptation critique, en particulier et encore une fois, chez les femmes à l’approche de la ménopause. Statistiquement le début de la ménopause se situe aux alentours de 51 ans et le processus peut durer entre deux et dix ans, selon des études réalisées à la Mao Clinic. La cinquantaine est donc critique chez les femmes. Non seulement la masse musculaire a tendance à diminuer mais la solidité du squelette également, ce qui n’est pas le cas chez les hommes car ils vivent une transition hormonale beaucoup plus progressive.

Selon le Docteur Apovian, il est critique de surveiller la balance alimentaire lors des quarantaine et cinquantaine en s’efforçant de diminuer les rations riches en sucre tout en enrichissant le régime alimentaire avec des produits carnés et du poisson. Cette spécialiste recommande aussi de moins manger et de manger seulement à heures fixes sans oublier les exercices physiques réguliers. Encore une fois le corps médical n’a rien inventé mais s’efforce de rappeler quelque sagesse pour préserver sa santé …

Source : dailyburn.com

Attentats terroristes en France : mise au point.

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Compte tenu des quelques commentaires qui sont arrivés sur mon blog, je voudrais faire une petite mise au point qui me paraît relever de la plus pure logique historique. L’Islam date de l’année 622 de l’ère chrétienne. Il y a 600 ans les chrétiens brûlaient avec joie les sorcières (revoir par exemple la magnifique scène du film « Le Septième Sceau » de Bergman) puis ils s’entretuèrent car certains d’entre eux, écoeurés par la magnificence de la papauté, osèrent protester, d’où le nom de « protestants ». Ils massacrèrent les populations de l’Amérique nouvellement découverte qui refusaient de se convertir (voir la « Controverse de Valladolid ») ce qui fit d’ailleurs la notoriété des rois très catholiques d’Espagne aux mains couvertes de sang. À peu près au même moment les Espagnols massacrèrent les musulmans et les juifs qui refusaient de se convertir à la religion chrétienne. Partout en Europe les conflits à connotation religieuse étaient florissants. La fougue guerrière et sanguinaire ressurgit en France lors de la Révolution. Un grand nombre de prêtres « réfractaires » (et de nonnes, après avoir été violées cela va de soi) furent tout simplement décapités.

Qui osera prétendre que la religion chrétienne est une religion de paix par opposition à l’Islam qui serait une religion de guerre ? Les Américains, les pires fauteurs de guerre contemporains n’ont-ils pas sur leurs billets de banque la devise « In God We Trust » ? L’histoire nous apprend seulement que bon nombre de conflits armés ont utilisé la religion comme alibi par le passé et il en est encore ainsi aujourd’hui.

En conclusion, aux yeux des chrétiens bien pensants l’Islam aurait-il 622 ans de retard ? Permettez-moi d’en douter car les joyaux architecturaux de l’Andalousie ne sont pas le fait des Rois et Reines espagnols « très catholiques » mais des Émirs de Grenade.

Illustration : reddition de l’émir Muhammad XII devant Ferdinand V et Isabelle I (Wikipedia).

Le pétrole c’est vraiment dangereux pour le climat !

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Que mes lecteurs se rassurent tout de suite, je ne suis pas devenu brusquement un adepte inconditionnel des moulins à vent et des panneaux photovoltaïques. En effet, le titre de ce billet pourrait faire croire que je viens de me ranger dans la catégorie des pourfendeurs des grandes compagnies pétrolières qui déversent leurs barils d’or noir sur les marchés, ce qui accroit inexorablement (?) la teneur en « gaz à effet de serre » de l’atmosphère. Rien de tout cela, il s’agit de la vraie raison de la disparition soudaine des dinosaures il y a entre 66 et 63 millions d’années.

Lorsque la société Pemex et d’autres majors du pétrole élargirent leurs prospections autour du principal gisement de pétrole du Mexique au large de la péninsule du Yucatan ils furent étonnés de constater qu’il y avait une sorte d’îlot circulaire sous-marin de 180 kilomètres de diamètre sans quantité notoire de pétrole alors que le champ pétrolifère de Cantarell, par exemple, est une véritable éponge tout près de ce « désert » pétrolier. C’est ainsi que fut découvert le cratère d’impact de Chicxulub dont on attribua la formation à la chute d’un astéroïde d’au moins 10 kilomètres de diamètre constitué en grande partie de fer et d’iridium. Des études détaillées confirmèrent par la suite que ce cratère d’impact maintenant totalement comblé par des sédiments datait bien d’environ 63 millions d’années.

Or, comme la disparition soudaine des dinosaures date d’à peu près la même époque, tous les ossements fossilisés de ces monstrueuses créatures dont je ne suis pas du tout fanatique ont été datés d’avant cette période bien précisée par les géologues et appelée la frontière crétacé/paléogène. Ce mot barbare veut tout simplement dire qu’au même moment sur toute la planète on retrouve une couche géologique très fine enrichie en iridium, un métal très rare dans la croute terrestre. Tout concourrait pour considérer que les dinosaures avaient disparu subitement à la suite de la chute de ce gros astéroïde, mais pas seulement les dinosaures car les ammonites disparurent également ainsi que près de 80 % de toute forme de vie que ce soit terrestre ou océanique.

Les scientifiques se sont creusé les méninges pour expliquer comment un tel impact avait pu avoir un effet planétaire aussi catastrophique, toutes les simulations conduisant à des conclusions hasardeuses. Il a fallu attendre la sagacité d’une équipe de géologues et de physico-chimistes de l’Université Tohoku de Sandai au Japon pour comprendre exactement le déroulement de ces évènements catastrophiques relatés ici : doi: 10.1038/srep28427 .

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L’équipe du Docteur Kunio Kaiho a approfondi l’analyse de cette couche riche en iridium sur deux échantillons l’un provenant de l’île d’Haïti actuelle et l’autre du sud de l’Espagne à Caravaca dans la province de Murcia. Ils ont trouvé qu’outre la présence d’iridium et de fer il y avait bizarrement la présence notoirement élevée d’hydrocarbures de la famille des coronènes et des benzopyrènes. Or ces hydrocarbures sont la signature des particules carbonées qui forment la suie et la fumée y compris des pots d’échappement des moteurs diesel ! La chute de l’astéroïde du Chicxulub n’aurait tout de même pas mis le feu à toute la végétation existant sur la Terre à cette époque. L’explication fournie par ces géologues est beaucoup plus terrifiante : l’astéroïde alluma un gigantesque feu de pétrole, volatilisant en un instant entre 2 et 60 milliards de tonnes de pétrole produisant un panache de fumée d’une taille difficile à imaginer qui monta à des altitudes stratosphériques enveloppant toute la planète d’une épaisse couche de suie qui obscurcit durablement – au moins pendant 10 ans – la planète Terre entière.

Selon les simulations réalisées au Département des Sciences de la Terre de l’Université Tohoku la température globale chuta de près de 16 degrés en moins d’une année, toutes les plantes photosynthétiques ainsi que le phytoplancton furent affectées ce qui conduisit à une rupture de la chaine alimentaire entrainant l’extinction probablement en moins de dix ans de la majorité des espèces vivantes, y compris des insectes ! Les crocodiles, dignes descendants des dinosaures, échappèrent à l’extinction totale en survivant tant bien que mal dans les zones intertropicales, du moins seulement certaines espèces …

Pour donner un ordre de grandeur de cette catastrophe pétrolière, le petit trou fuyard qui fit la une des journaux de la Terre entière dans le golfe du Mexique il y a quelques années ne déversa dans l’océan que 4,9 millions de barils soit en gros un million de tonnes de pétrole, l’équivalent de deux gros super-tankers. L’impact du Chicxulub vaporisa et enflamma, dans l’hypothèse haute expliquant parfaitement toutes les disparitions d’espèces vivantes observées, jusqu’à 60 milliards de tonnes de pétrole en quelques secondes … ce qui provoqua un changement climatique très brutal non pas provoqué par le CO2 mais tout simplement par la fumée.

Source : voir le doi dans le texte, en accès libre, illustration Wikimedia et Courtillot et al. Earth and Planetary Science Letters, 166, 177-195 (1999)

Infertilité des couples : du nouveau !

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Les entreprises de biotech, petites et grandes, ne sont décidément pas à court d’idées pour réaliser des profits. Le dernier gadget en date est le « Track ». Il s’agit d’une mini-centrifugeuse comprenant un petit rotor spécialement étudié pour procéder à un comptage des spermatozoïdes. Il suffit de déposer quelques gouttes de sperme dans le réceptacle prévu à cet effet et en quelques minutes l’homme peut savoir s’il est un bon ou un mauvais géniteur.

Cet appareil conçu et vendu 160 dollars (hors taxes) par la société Sandstone Diagnostics basée à Livermore en Californie répond à un besoin bien réel. En effet les couples désireux d’avoir des enfants et confrontés à un manque de succès répété décident de consulter un médecin et dans 80 % des cas la femme est désignée par son époux comme responsable de cet état de fait. Les statistiques indiquent pourtant que les cas d’infertilité se partagent pour moitié entre les femmes et les hommes. Pourquoi donc incriminer systématiquement les femmes ? C’est la raison pour laquelle la société Sandstone Diagnotics propose ce petit appareil qui va donner immédiatement une indication sur le pouvoir fertilisant du sperme du futur (?) père. Il s’agit d’un diagnostic simple et rapide qui, selon le résultat, va éviter à la femme de se soumettre à de nombreux examens, voire à des traitements hormonaux, totalement inutiles si c’est son époux qui ne produit pas un sperme de bonne qualité.

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Par exemple aller dans un sauna ou prendre un bain chaud à plus de 40 degrés diminuent dramatiquement et durablement la qualité du sperme. L’homme peut alors modifier ses habitudes de vie et procéder à un suivi de l’amélioration de son sperme avec le « Track » bien avant de penser que c’est sa partenaire qui est fautive. En guise de conclusion cet appareil est le bienvenu pour battre en brèche les idées reçues en ce qui concerne l’infertilité des couples.

Source et illustrations : https://trakfertility.com/science-behind-track/