La nouvelle médecine : Huxley en était le visionnaire !

Le séquençage de l’ADN humain entre progressivement dans les processus de diagnostic du corps médical, au moins aux USA, et si le coût du séquençage lui-même a chuté aux alentours de 1000 dollars (voir un précédent billet sur ce sujet) il reste à effectuer une analyse des résultats pour détecter les mutations qui peuvent être à l’origine de pathologies aussi variées que l’asthme, les crises de goutte, le cancer du sein ou une prédisposition aux maladies cardiovasculaires. Il y a une douzaine d’années les médecins s’intéressaient tout au plus à trois gènes, en 2007 une avancée technologique dans le repérage des SNP permettait aux mêmes médecins de se pencher sur 5 gènes différents. Aujourd’hui le clinicien prend en compte pour son diagnostic jusqu’à 70 gènes différents. A l’évidence cette progression spectaculaire permet d’affiner l’approche clinique du malade mais elle demande en contrepartie une puissance de calcul considérable pour traiter les quelques 3 milliards de paires de bases constituant la totalité de l’ADN d’un individu. Les bases de données s’étoffant chaque jour, les mutations dans des zones codantes et dans l’ADN non codant supposé superflu qui ont aussi leur importance sont progressivement identifiées à des pathologies précises. Plus de 85 % des mutations dans des zones codantes ont été identifiées et reliées à des maladies bien précises mais les 15 % restant sont situées dans des zones non codantes et l’accumulation de données permet d’y voir plus clair. Par exemple la seul cardiomyopathie fait intervenir pas moins de 50 gènes différents et il n’est pas difficile de comprendre que les médecins sont friands d’informations génétiques étayant leur diagnostic.

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La solution ne peut être trouvée qu’en utilisant la puissance de calcul de super ordinateurs tel que le Cray XE6 surnommé Beagle comme le bateau sur lequel embarqua Charles Darwin en 1831. Cet ordinateur se trouve dans les locaux de l’Argonne National Laboratory sur le campus de l’Université de Chicago et est à la disposition des chercheurs de l’Université, en particulier pour la recherche biomédicale. Les programmes d’analyse ont été mis au point par une équipe de l’Université et le « Beagle » peut simultanément analyser jusqu’à 240 génomes entiers en 48 heures ! On comprend dès lors l’accélération de l’utilisation de la génétique dans le diagnostic médical. C’est une ère nouvelle de la médecine qui s’ouvre. Dans quelques années seulement, le médecin vous demandera de lui communiquer votre séquence d’ADN, en quelques heures elle sera analysée par un superordinateur et vous aurez la réponse à votre problème de santé. Vous n’aurez plus besoin de poser la question fatidique : « je vais guérir, docteur ? » parce que l’ordinateur aura répondu à cette question avant même que vous la posiez au médecin. Ce dernier ne servira plus que d’interface avec la machine. On peut imaginer également que de l’analyse de l’ADN résultera une liste de conseils et la prescription des médicaments ciblant exactement la pathologie particulière résultant de mutations variées sur, disons au hasard, 47 gènes précis qui font que vous avez des aigreurs d’estomac et des troubles du sommeil …

A n’en pas douter, la médecine va évoluer très rapidement avec le support informatique de tels équipements. Les chercheurs de l’Université de Chicago se sont rendu compte qu’il était moins coûteux et beaucoup plus rapide d’utiliser un ordinateur tel que le « Beagle » pour effectuer les analyses. A terme, selon Elizabeth McNally, directrice la clinique de génétique cardiovasculaire de la faculté de médecine de Chicago, le coût de l’analyse atteindra environ 1000 dollars après avoir déboursé 1000 dollars pour le séquençage proprement dit car l’analyse du séquençage constitue aujourd’hui un véritable goulot d’étranglement. Pour donner un ordre d’idées, il faut plusieurs mois pour effectuer une analyse complète de l’ADN avec le plus puissant des ordinateurs de bureau disponible sur le marché !

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Enfin, avec de tels outils informatiques, le médecin pourra envisager une prophylaxie familiale préventive car les mutations délétères sont transmissibles à la descendance. Une véritable révolution dans le fonctionnement de la médecine se profile donc. Avec l’imagerie qui s’est développée et s’est affinée ces quelques vingt dernières années avec d’ailleurs le traitement informatique des données, avec l’impression 3D qui va également faire son entrée dans cette discipline en reconstituant des organes complexes avec des cellules pluripotentes issues du malade lui-même et redirigées pour telle ou telle fonction, on peut entrevoir quelle sera la médecine dans 20 à 30 ans. Pourquoi pas des utérus artificiels … Huxley, comme Asimov, n’était pas si loin de la réalité future.

 

Source : University of Chicago Medical Center

 

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