Le « microbiome » de notre peau : un univers !

Cette image montre la base d’un poil de la peau du dos entouré de bactéries et de champignons par microscopie en fluorescence. Les champignons apparaissent en bleu-vert, les bactéries en rose et les cellules de la peau et du poil en jaune.

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Nous sommes littéralement recouverts de bactéries et de champignons qui luttent entre eux sur notre peau et les poils qui nous recouvrent sans que souvent on puisse les voir à l’oeil nu, je parle des poils, ce qu’on a coutume d’appeler le duvet, et dans le moindre interstice, entre deux amas de cellules mortes et prêtes à se décoller des milliers de cellules bactériennes et des champignons microscopiques grouillent et sont en compétition les uns contre les autres. Il est difficile d’identifier toute cette population de micro-organismes puisque leur culture in vitro est parfois impossible mais la biologie moléculaire a permis d’en faire un catalogue grâce au séquençage de l’ADN qui permet d’établir une sorte de revue  de la présence ou non d’un champignon ou d’une bactérie sur une quelconque partie du corps. Dans la plupart des cas ces champignons microscopiques sont inoffensifs mais ils peuvent aussi, combinés à des bactéries, être la cause de désagréments comme des dermatoses ou des ulcérations douloureuses comme par exemple « le pied d’athlète » ou encore des infections apparaissant sous les ongles. Rien qu’aux Etats-Unis on estime que trente millions de personnes souffrent d’affections de la peau dont la cause est la présence de champignons et/ou de bactéries. Parfois une hygiène trop poussée peut déséquilibrer l’harmonie de ce qu’on appelle le « microbiome » de la peau et alors des dermatoses peuvent apparaître car les bactéries et les champignons cohabitent en se nourrissent des couches extérieures de la peau constituées de cellules mortes qui sont éliminées en permanence. Que fait-on quand on se fait bronze sur une plage sinon accélérer le processus de sénescence et de mort des cellules de l’épithélium cutané. Pour approfondir la connaissance de ce microbiome cutané, après avoir prélevé des échantillons sur diverses parties du corps le séquençage de l’ADN recueilli a permis d’identifier ce que l’on appelle des marqueurs phylogénétiques permettant d’identifier tous les champignons retrouvés sur la peau à différents endroits du corps. Le séquençage permet de générer plus ce cinq millions de marqueurs représentant plus de 80 genres et espèces de champignons. Une mise en culture in vitro aurait au mieux permis d’identifier une douzaine d’entre eux parmi une centaine de colonies après un travail pouvant s’étaler sur plusieurs semaines. Par exemple au niveau des pieds qui ne sont pourtant pas les parties du corps les plus riches en champignons, deux sortes (phylums) ont été parfaitement reconnus avec leurs marqueurs phylogénétiques, des Ascomycètes et des Basidiomycètes. Le genre le plus commun est Malassezia souvent rencontré au niveau des narines ou derrière les oreilles mais moins fréquemment dans le dos ou le cou. Les narines sont particulièrement riches en ces champignons somme toute inoffensifs du genre Aspergillus, Cryptococcum, Rhodotorula ou Epicoccum. L’étude réalisée par le NCI (National Cancer Institute – National Human Genome Research Institute) sous la direction du Docteur Julie Segre a ainsi montré que les populations de champignons varient selon l’endroit du corps où elles se situent mais pas vraiment en fonction des individus sur lesquels ont été prélevés les échantillons. Les pieds, les narines ou encore la zone génito-urinaire sont particulièrement riches en champignons alors que les mains, les sourcils ou l’oreille externe en sont pratiquement exempts. Et en rapprochant cette étude sur les champignons avec une autre étude réalisée cette fois sur les bactéries de la peau, la même équipe de recherche a pu montrer que plus il y avait de champignons, moins il y avait de diversité bactérienne et vice-versa selon les parties du corps échantillonnées. La population bactérienne dépend largement des conditions d’humidité de la peau, aisselles, plis de l’aine, narines ou paupières, alors que la diversité de la population de champignons dépend surtout de l’endroit du corps d’où provient l’échantillon analysé, et ce sont les pieds et dans une moindre mesure les narines les plus riches en diversité fongique. Les auteurs concluent par un mot d’humour qu’on peut traduire ainsi : « si vous ne voulez pas mélanger votre propre flore fongique avec celle des autres, quand vous êtes dans le vestiaire de la piscine, portez toujours des tongs pour vous protéger ».

 

Source et crédit photo: genome.gov

 

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